Das Seminar/Praktikum wendet sich an mathematisch/informatisch begabte Studentinnen und Studenten der molekularen Biotechnologie im 6. Fachsemester, die an Modellierung dynamischer Systeme und ihrer Optimierung interessiert sind, und die nach Möglichkeit bereits eines der vorausgehenden Seminare "Optimierung in der molekularen Biotechnologie" oder "Optimierung Dynamischer Systeme in der molekularen Biotechnologie II" besucht haben oder entsprechendes Vorwissen mitbringen. Das Seminar/Praktikum verlangt sehr starke Eigeninitiative der Teilnehmer/innen, da das Ziel darin besteht, die zuvor erlernten Optimierungsmethoden selbständig auf Probleme der molekularen Biotechnologie anzuwenden. Dafür ist erlaubt, auch externe biotechnologische Kooperationspartner bzw. Auftraggeber mit zu Rate zu ziehen. Um eine angemessene Betreuung zu gewährleisten, ist die Teilnehmerzahl auf maximal 9 begrenzt.

Ziel des Seminars ist dass jede/r Teilnehmer/in ein selbstgewähltes Modellierungs/Optimierungsprobleme aus dem Bereich der molekularen Biotechnologie selbst erarbeitet und einen kleinen "Forschungsartikel" auf Englisch zum Thema anfertigt. Die Verwendung von Computermethoden wird bei der Bearbeitung der Themen eine grosse Rolle spielen. Die Seminartreffen dienen in erster Linie dem gemeinsamen Erfahrungsaustausch, und bestehen vorwiegend aus Kurzvorträgen der Teilnehmer/innen zu Ihrer aktuellen Arbeit. Mögliche Projektthemen könnten z.B. sein: "Parameterschätzung bei Dynamischen Systemen (z.B. in der Enzymkinetik, Zellbiologie, Physiologie)" , "Optimale Steuerung von Bioprozessen (oder Medikamentengabe)".

Die Lehrveranstaltung wird als Praktikum im Bereich Bioinformatik mit 10 ECTS Credits anerkannt.

• Samuel Bandara: A mathematical model for the molecular transport of paclitaxel across the blood-brain barrier (PDF)
• Achim Boltz: Parameter Estimation for Quantitative Analysis of the NF-kappaB Signal Transduction Pathway and a Further Induced Target Gene (PDF)
• Johannes Horlemann: Modelling Pollen Tube Growth (PDF)
• Stefan Quint: Modelling and simulation of TNFalpha secretion in macrophages (PDF)